CEPYME desarrolla su actividad en distintas áreas, en función de las que se estructuran los departamentos de la Confederación, que dependen directamente de Secretaría General.

La Confederación cuenta con departamentos de:

• Gerencia.
• Economía e Innovación.
• Socio-Laboral.
• Relaciones Internacionales.
• Desarrollo Corporativo.
• Formación.
• Comunicación.